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截至2021年底，我国有4个保存苹果种质资源的国家级作物种质资源圃，分别是：国家果树种质兴城梨及苹果圃、国家果树种质新疆名特果树及砧木圃、国家果树种质昆明特有果树及砧木圃、国家果树种质公主岭寒地果树圃；国家园艺种质资源库除上述4个国家资源圃外，中国农业科学院郑州果树研究所建有苹果分库；国家林木种质资源库中，也对苹果种质资源进行收集保护，建设了静宁县苹果国家林木种质资源库、特克斯县野生果树国家林木种质资源库。
近年来，各地方也在建设种质资源圃，如延安苹果种质资源圃等，苹果种质资源的保护工作欣欣向荣。
从20世纪50年代至今，我国已经选育出近400个苹果（含砧木）新品种，品种结构主要包括早熟、中熟和晚熟三大类。早熟品种主要包括嘎啦类及其之前成熟的品系，上市期主要在7月份到8月中旬之前，代表品种有嘎啦不同优系、美八、藤木一号以及国内培育的品种华硕、鲁丽、华美、秦阳等；中熟品种上市期在8月下旬到9月底，代表品种有金冠、新红星类、蜜脆、乔纳金、红将军等早熟富士类以及国内培育的华冠、秦脆、华红等；晚熟品种上市期在10月份以后，主要代表品种有不同类型的红富士芽变品种、国光、威海金以及国内培育的瑞阳、瑞雪、寒富、秦冠等。
红富士芽变品种群是全区域主导品种，全国平均占比七成左右。在新近发展的果园中富士仍为主导品种，主要以烟富8、烟富10、龙富、元富红、福布拉斯等富士优良品系为主，但总体比例有所下降；威海金、瑞雪、秦脆等新优品种在新发展果园中占比逐步上升。
苹果苗木生产主要分布在陕西和山东，其次是山西、河北、河南和辽宁。在西部地区以压条繁殖自根砧木为主，代表企业为陕西现代果业集团有限公司和陕西华圣现代农业集团有限公司，压条圃面积均超过800亩，年砧木繁育能力均超过1000万株，大苗繁育能力700万株左右；此外天地生态农业科技有限公司、西安咸恒农业科技有限公司、陕西海棠生态农林股份有限公司、北京汇源千阳果业有限公司等几家企业2021年生产苗木接近500万株。
东部地区形成以组培繁殖为主的砧木苗繁育体系，代表企业为山东惠农园艺科技有限公司、诸城市万景源农业科技有限公司、烟台实林农业科技有限公司等，年砧木繁殖能力近2000万株；苹果苗繁育企业有山东丰沃集团、莱州大自然园艺科技有限公司、山东大丰园农业有限公司、烟台现代果业发展有限公司、山东烟富农业科技有限公司、烟台沃森农业科技有限公司、山东樱聚缘农业科技发展股份有限公司等，2021年度生产苗木超过1600万株。
此外河北、河南、辽宁、山西以及陕西、山东等地分散的小型育苗企业、合作社2021年生产不同类型的苗木超过3000万株。据初步统计，全国已经形成年出圃超7000万株苗木的生产能力；其中矮化自根砧苗达1500万株，主要集中在具有一定规模的生产企业中。
